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Abstract:
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Resumo: Atualmente, com as inúmeras tecnológicas disponíveis para sequenciamento de transcritos, o problema consiste no número de ferramentas computacionais para a análise de dados. Neste trabalho apresentamos o desenvolvimento do Genetic Transcript Analyzer (GTA), uma nova ferramenta para comparação de resultados da análise de expressões gênicas por RNA-Seq para diferentes amostras, gerando informações mais ricas a partir de dados brutos no formato BAM ou SAM. O sistema proposto é freeware e foi desenvolvido utilizando a linguagem de programação Java® com auxílio da ferramenta SamTools®, uma biblioteca Java para leitura de arquivos no formato SAM e BAM (Heng li et al, 2009). As validações do sistema deram-se através de entrevistas de satisfação dos usuários e comparações diretas com programas de planilhas eletrônicas e também com comparações descritivas com outros softwares disponíveis que possuam módulos semelhantes ao aqui proposto. O resultado desta pesquisa foi o desenvolvimento de uma solução simples e prática para analisar os resultados de sequenciamentos realizados por máquinas de sequenciamento da nova geração através do método Rna-Seq. |